Примерно в 2003 году Хайнеман получил диагноз гендерная дисфория, начал трансгендерный переход[9] и сменил имя на Ребекка Энн[10][11]. Ребекка Хайнеман — лесбиянка[10], у неё пятеро детей. Супруга Хайнеман — разработчица игр Дженнелл Джейквайс[10][12]. Хайнеман входит в совет директоров ЛГБТК+ организации ГЛААД[7].