Здравствуйте, RealBobEx, Вы писали:

RBE>В описанаии и реализации алгоритма WinDiff от Microsoft есть несколько неясных моментов.
RBE>Может быть кто-нибудь знает его автора или может подсказать где взять более четкое описание?

Ключевые слова: LCS — Longest Common Subsequences, SES — Shortest Edit Script.

Edit script собственно и есть описание разницы между двумя строками/файлами. Обе проблемы решаются одним и тем же способом и различаются только интерпретацией результата.

Ссылки:
An O(ND) Difference Algorithm and Its Variations
An O(NP) Sequence Comparison Algorithm
Кладезь мудрости :)