как быстро файл проверить на правильность символов
От: pvnic  
Дата: 03.04.02 07:47
Оценка:
Здравствуйте!

Вот какая проблема — есть файл(порядка 1.5 мега, но это небольшой еще) из него нужно выбрать только те сиволы, которые принадлежат — atgc
но изначально, там есть разная дополнительная информация+форматирование+цифры
как из всего этого безобразия взять только символы из того алфавита?
сейчас код примерно такой:

    // second step  - load
    do
    {
        getline( is, data );
        const char* lpData = data.c_str();
        if (data.size()>1 && lpData[0] == '/' && lpData[1] == '/' )
            break;
        else
        {
            int len = data.length();
            for(int i=0; i<len; i++)   
            {
                switch(data[i])
                {
                    case 'a':
                        m_iCountA++;
                        clearedData+='a';
                        break;
                    case 'A':
                        m_iCountA++;
                        clearedData+='a';
                        break;
                    case 'c':
                        m_iCountC++;
                        clearedData+='c';
                        break;
                    case 'C':
                        m_iCountC++;
                        clearedData+='c';
                        break;
                    case 'g':
                        m_iCountG++;
                        clearedData+='g';
                        break;
                    case 'G':
                        m_iCountG++;
                        clearedData+='g';
                        break;
                    case 't':
                        m_iCountT++;
                        clearedData+='t';
                        break;
                    case 'T':
                        m_iCountT++;
                        clearedData+='t';
                        break;
                    default: 
                         break;
                }
            }
            body += clearedData;
        }

но заметно тормозит.....
 
Подождите ...
Wait...
Пока на собственное сообщение не было ответов, его можно удалить.