С>Кто-нибудь знает, есть ли вообще возможность писать свои расширения и "драйверы" для Hyper-V? Как раз для того, чтобы дать ей возможность использовать отдельные разделы, а не всё физическое устройство. Как такое сделать?

Думаю, что проще и универсальнее сделать эмуляцию физ.диска на основе файла или партиции.
За основу взять например FileDisk (http://www.accum.se/~bosse/).