Дополнение. Проблема возникает со стандартным ATL'ным exe'шником при добавлении одной-единственной строки в хидер
DECLARE_CLASSFACTORY_SINGLETON(CSTObj)

При этом вместо одной пары Lock/Unlock получаем следующий лог работы:

CExeModule::Lock() == 1
CExeModule::Lock() == 2
CExeModule::Lock() == 3
CExeModule::Lock() == 4
CExeModule::Unlock() == 3
CExeModule::Unlock() == 2
CExeModule::Unlock() == 1
CExeModule::Unlock() == 0
SetEvent(hEventShutdown), return value == 1, lasterror == 1008
RevokeClassObjects()
CExeModule::Lock() == 1
CExeModule::Unlock() == 0
SetEvent(hEventShutdown), return value == 0, lasterror == 6