Сдается мне, что проблема не столько оттого, что проект большой (3 мб рар в выражениях — это сколько?), а оттого, что он монолитный и по частям его работоспособность не проверить.
И вообще, что значит "не так, как надо"?

/w4 полезно держать включенным постоянно.

Если статические анализаторы не помогают, то имеет смысл использовать динамические visual leak detector, app verifier, встроенные рантайм проверки.

А что за проблемы с ассертами? Компилируйте с _DEBUG DEBUG и оптимизациями.