shardim,

> Если я создам ну скажем 5 потоков, при вызове функций MyFunction1,MyFunction2,
> потоки не будут между собой конфликтовать?

Если у них нет разделяемых данных -- не должны. (В приведенном примере подобных данных не видно.)

> Насколько вычитал оператор new получает блоки памяти из кучи процесса.

Зависит от реализации конкретного компилятора и поставляемой с ним CRT.

> В каждом потоке я могу создать кучу (HeapCreate(...)), так вот будет ли
> оператор new получать блоки памяти из созданной в потоке кучи?

Очень маловероятно: откуда ему вообще знать, что ты создал еще одну кучу?

> А если не будет получать то как его заставить?

Написать свой operator new. Лучше всего placement. (Дополнительную информацию искать по словам "placement new".)