Думаю,вы не поставили галочку в реквизите справочника "Изменяется документами"... и еще,в док. существует функция УстановитьРеквизитСправочника(<ЭлементСправочника>,<НазваниеРеквизита>,<Значение>,<ДатаУстановки>,<ИмяТипа>,<Длина>,<Точность>)
может она вам больше поможет