С>Есть веб-приложение, которое обращается к сервисам (webservice, remoting).
С>Не лучше ли будет создать экземпляры прокси-классов сервисов один раз в Application_OnStart?
С>Сервисов не много, обращения частые.

Сперва вынеси создание сервисов в отдельное место (GetService(...)).
Потом сможешь быстро изменять способ создания и померять — есть ли какая-нибудь разница по скорости.

Но вообще разница должна быть маленькая по сравнению с временем сетевого взаимодействия.