Здравствуйте, Ocenochka, Вы писали:

O> Есть некая архитектура поделеная на три слоя. Все как положено. Но что делать при запуске приложения?
O> Сейчас это вижу так: создается объект решения с методом Run(), который создает все необходимые объекты всех слоев и связывает их между собой, после чего запускает потоки. Есть другие варианты?

про потоки не понятно...

можно попробовать создавать объекты по мере необходимости. это можно сделать реализуая "главные" объекты слоев в виде синглетонов, которые иницализируются при первом к ним обращении "рабочих" объектов. Более того иницализация части "внутреностей" главных объектов может выполняться так же при первом обращении.