bnk>Я про то что если он ошибся, и дубликат на самом деле не дубликат например (или наоборот), как в твоей системе это можно будет "отменить"?

Для этого ему и сделаны флажки, чтобы он предварительно подумал.
Если он думать не хочет, то результат будет такой как сама программа автоматически сопоставила.
То есть по сравнению с автоматическим сопоставлением он может улучшить ситуацию, а ухудшить он не сможет.

bnk>По поводу архитектуры — ну нафига вообще какая-то архитектура или тем более "слои" для одноразовой задачи, которую сделал и забыл.

Ну потому что при определенном количестве строк кода уже начинаю путаться: что кого откуда вызывает и какие параметры передает, конвертирует.
Сейчас уже базовые функции написаны: по работе с интерфейсом, базой данных, флажками. Но из-за того что их много, уже тяжело ориентироваться в коде.
А еще дальше нужно дорабатывать дополнительные возможности, например установление соответствия "вручную".
Разделение на слои нужно, это намного улучшает и упрощает доработку новой функциональности.
Главное, чтобы разделить правильно. Когда разделено неправильно — только хуже становится.