а какие тут могут быть мысли. наливай да пей.

мсил превратить в дерево очень просто.
все комманды являются стейтментами. регистры переменными (для простоты можно считать их определенными в начале метода).

структура классов/методов в мсиле лежит прямо. без всякого запутывания.

или вопрос был в том чем читать мсил?