Здравствуйте, Аноним, Вы писали:

А>При закрытии приложения или Exception все закрывается OK!
А>Теперь делаем эксперимент нажимаем Ctrl-Alt-Del и снимает Ручками My.exe
А>Excel остается, что в принципе нормально.
А>Нажимаю на Exit и Окно закрывается, а поток ОСТАЕТСЯ!!!

Наверное не поток, а процесс?

А>Пробовал бороться но
А>В принципе глюк допустимый нестандартная ситуация, нечастая, но заел вопрос по теории, а если другое приложение и все очень критично? Что делать!!!

Поменяйте "направление" работы с Excel. Сделайте managed add-on для Excel который, при запуске будет устанавливать соединение с вашим приложением (через тот-же remoting). Тогда, каждый у вас будет отвечать сам за себя — приложение будет отвечать только за старт/рестарт экселя, а add-on (который находится внутри экселя) за дальнейшую коммуникацию с приложением и управлением экселем.