Здравствуйте, Аноним, Вы писали:

А>Есть основное стороннее приложение.
А>Есть 2 сборки которые загружаются в это основное приложение.
А>Вопрос как лучше наладить между ними обмен данными..?
А>Named Pipes? или вообще WCF сервис поднять...
А>Windows сообщения не подойдут...

А>Какие еще варианты?

Они могут это делать через какой ни будь третий тип, создаваемый приложением, как в принципе и на прямую. Не много усложнится если только сборки загружаются в отдельные домены.