Здравствуйте, _ssss, Вы писали:

_>Но как быть с .NET Framework? Качать/устанавливать целиком или копировать только нужные dll-ки?
_>Ведь в случае копирования только нужных, они никогда не будут обновляться. А вдруг Microsoft выпустит на них какой-нибудь фикс.
C .net "распространять только нужные" не выйдет. Так что проверять наличие, при необходимости — запускать онлайн-инсталлятор или включать инсталлятор дотнета в дистрибутив

P.S. По первому вопросу — поддерживаю Rinbe.
Во-первых, вы не загаживаете пользовательскую систему лишним софтом, т.е. не поломаете ничего у пользователя.
Во-вторых, пользователь не сможет случайно удалить mysql connector, т.е. не поломает ничего вам.

Единственный момент: юридические ограничения на распространение (если софт коммерческий). Сам не могу сказать ничего полезного (с mysql в коммерческих целях не работал), на SO рекомендуют распространять gpl-компоненты по отдельности.