R>просто вызов импорт. функции (для exe) _CorExeMain и передача управления среде, то можно ли самостоятельно изменить процесс загрузки, вообще-то интересно как?

Подредактировать EXE и вызывать _CorExeMain не из mscoree.dll, а из своей какой-нибудь mycoree.dll.

Правда, после такого изврата подписанные сборки станут некорректными. На то ведь StrongName и придумали.