S>Может быть хеш какой-то можно посчитать от этого сложного ID, и по нему сортировать?
никогда не делал. надо поискать.
S>Зависит ещё от соотношения, сколько элементов в массиве первого уровня, сколько во втором уровне, и сколько сравнений требуется (а то, может, имеет смысл поддерживать флаг равенства, и проверять при изменении содержимого, если изменения редкие, а сравнения частые).
кол-во +- одинаковое на уровнях
примерно 10 на первом уровне и 15 на втором