R> Плохая идея была делать в студии все настройки «мышкой».

Я точно не знаю, но думаю, что внутри есть API, который даёт программный доступ ко всему тому же, что делается мышкой

R> Плохая идея была делать MSBuild отдельным от механизмов сборки проекта через студию.

Насколько я знаю, студия компилирует именно используя MSBuild, нет там никаких "отдельных механизмов".