DN>Т.е. насколько я понимаю, Studio.NET — это как надстройка, "темплейт", над самим .NET Framework — т.е. движком.
Нет. Visual Studio .NET это IDE (Integrated Development Enviroment) т.е. набор редакторов, утилит etc предназначенный для разработки .net приложений.
В данный момент есть 3 версии VS .NET: VS 7.0 a.k.a. VS 2002 (использует .net framework 1.0), VS 7.1 a.k.a. VS 2003 (использует .net framework 1.1) и VS 8.0 a.k.a. VS 2005 / Whidbey (бета версия(!), использует .net framework 2.0 beta).
Сама платформа одна — .net (в реализации МС это .net framework, под линуксом есть MONO). Средства разработки под нее могут быть любыми (например VS .Net или тот же SharpDevelop для C#).
DN>Ок. спрошу по другому, а в чём собственно разница между .NET и .NET 2003 и 2005? Новый набор контролов + пофиксинье багов?
Разница не только в наборе классов и исправленных ошибках. В 2.0 были/будут введены новые возможности для .net языков (одна из которых generics, более подробно смотри статьи на этом сайте по .net framework 2.0).