Здравствуйте, Буравчик, Вы писали:

Б>Проблема, как я понял, в неправильном порядке выгрузки so.
Б>Может вручную выгрузить все — заргистрировшись в atexit? Или так нельзя?

Проблема в том, что непонятно, как и что выгрузить! Потому что module_b неявным способом (где-то в недрах реализации boost::python::class_) ссылается на сущности из module_a.
То есть, мне тут надо и загасить module_b, и затем module_a, разрегистрировав классы.
Поэтому, даже если я добавлю обработчик в atexit, — что я там буду делать?