SE> Существуют ли универсальные форматы архивов, которые дружат с символическими ссылками и на виндовом NTFS, и под юникс-подобными системами?

Мне это неизвестно, но могу предложить костыль/лайфхак:
1) публикуешь спецификацию на XML-файл;
2) запихиваешь его внутрь .zip-архива для комплекта со всем остальным;
3) пишешь утилиту, которая работает со ссылками на разных файловых системах, используя этот XML;
4) говоришь что все так делают, и LibreOffice тоже.

А так, вообще, с гиперссылками лучше всего дружит HTML.

https://serverfault.com/questions/265675/how-can-i-zip-compress-a-symlink

You can store symlinks as symlinks (as opposed to a copy of the file/directory they point to) using the --symlinks parameter of the standard zip.

https://stackoverflow.com/a/38335098/3161761
tar умеет хардлинки.