Здравствуйте, Sharov, Вы писали:

S>Если длина задача, то для каждой последовательности считаете вхождения пос-ти данной длины. Пусть длина 2, сначала 12, пргоняете по всем последовательном и считаете, потом 23, потом 34,42,23(возможно уже быда), 31 . По памяти О(1).

По памяти О(1), но по времени как минимум O(N^3) или даже O(N^4).
Кубическая сложность это очень долго даже на маленьких файлах, которые точно влезли бы в память (например, 1 млн байт). Не говоря уже про чтение с диска.