D>Начиная с чудесной, казалось бы, IDE Android Studio,
Зачем она тебе? Нужен любой текстовый редактор начиная от vim заканчиваю VisualStudio (с плагинами для сборки под андроид).

D>В результате мне приходится тащить libxml2 отдельно (из репы опенсорсной части Андроида, хаха), думать, как его собирать.
Пишеш / редактируеш исходный makе и добавляеш к остальным make-ам (ndk-build). Реально там совсем не сложно.
Документации нет (на самом деле — хз, я не искал или читал), но можно посмотреть другие make-и как писать и интегрировать в ndk-build.

D>Есть "родные" automake/autoconf. Спасибо, очень помогло.
Автотулз не имеют таргетов на Андроид. Забудь.

D>Ещё в libxml2 есть файл Android.bp, про который гуглится, что это файл для blueprint, который как-то связан с сборочной системой с именем "soong".
Это задродство гугловых юных андроидоводов. Это в топку, просто пиши make.

D>Ещё пишут "так откатись на несколько ревизий назад, там есть Android.mk, а это обычный мейкфайл!"
D>Нет, сука, если я откачусь на несколько ревизий назад, то я могу получить не ту библиотеку.
Возьми не из Андроидных веток, а нативно из opensource.

PS: Незабудь dtd валидацию в libxml2 отключить, а то за-DDOS-ите и вас забанят (И я не шучу, т.к. такое уже было).