Здравствуйте, Shmj, Вы писали:

S>А конкретно, какой-то CMake-файл проверяет установлена ли либа и если установлена — то пропускает ее сборку и использует ее. А третья библиотека нуждается в этих h-файлах, которые должны были быть скопированы, но не скопировались т.к. был пропущен шаг.

Ну это же баг. Просто не дотестировали.

Открой им ишью с описанием проблемы, ну или отправь PR вместо нытья на форумах. Поможешь себе и мир немного лучше сделаешь.
А то докеры — костылёкеры. CMake, по идее, был рождён для воспроизводимости сборки в том числе, но от багов никто не застрахован.