Вопрос такой. Вот, известно что тот же реестр — это божественный объект. Если файл реестра повредить — то сломается вся операционная система и работать не будет ничего.

При этом было бы здорово этот файл заменить на нулевой, который в чистой Windows — с потерей предпочтений (заставка раб. стола, языки, часовой пояс и т.д.). Но чтобы просто все работало, настройки не так сложно же установить еще раз и это не критично.

Но! Так не получится, т.к. все программы жестко интегрируются в реестр и без него просто не будут работать.

Почему бы не освоить принцип слабой связности — и, к примеру, хранить настройки программы в ее папке? Ну т.е. чтобы оно не ломалось все одним пакетом как бы — а было разделено. ОС сломалась — сбросил до нуля — но это не влияет на установленные программы — если папка с программой сохранилась — то все будет работать без переустановки.