Я добился такого же сообщения когда поэкспериментировал в MapBasic’е. Создаешь диалоговое окно, во время загрузки которого основное окно MapInfo делаешь доступным и пытаешься завершить приложение. Пока это диалоговое окно не будет закрыто, при попытке завершить приложение, увидите сиё сообщение. Мож у вас аналогичная ситуация?