Здравствуйте, denis.zhdanov, Вы писали:
DZ>Что значит GUI внешнего приложения принадлежит программе?
Ну это типа

   frame.getContentPane().add(Runtime.getRuntime().exec("C:/Temp/notepad.exe "));

т.е. редактор не появился "лишним" окном, а открылся "внутри" java-приложения.
Я понимаю, что это невозможно в том виде, который я описал, но быть может есть какие-то мысли, как это сделать.
А может это в принципе невозможно.