А>1. можно ли как-нибудь при помощи только лишь аннотаций (заморачиваться со схемами не хотелось бы) указывать какие именно части объекта мне необходимо дергать.
Сходи сюда: http://java.sun.com/javaee/5/docs/api/javax/xml/bind/annotation/package-summary.html
Например, аннотация XmlTransient описывает какие части не дергать, а XmlElement — какие дергать.

А>2. не кинете ли в меня ссылочкой на пример написания MapToList адаптера, потому как, опять же насколько я понял, JAXB с Map работать не будет.
JAXB обработает Map, если он появляется как поле бина.
Если надо сохранить Мар как отдельный элемент, то читать здесь: https://jaxb.dev.java.net/guide/Mapping_your_favorite_class.html