Здравствуйте, denis.zhdanov, Вы писали:

DZ>LD_LIBRARY_PATH

Установка путей к первой (моей) и второй (сторонней) библиотеке в LD_LIBRARY_PATH не помогла.
Проблему решил создав symbolic link на сторонную библиотеку в /usr/lib, а путь к моей библиотеки указал в java.library.path