Здравствуйте, strcpy, Вы писали:

S>то hibernate начинает ругаться, что мол нужен конкретный экземпляр, а не Object. Это в общем-то логично. Выделять общего предка у всех "неудаляемых" объектов мне не очень хочется

Сделайте общего предка у History, и конкретные экземпляры — Entity1History, Entity2History и т.д. Это можно представить в БД в виде 1 таблицы со множеством полей.
Еще можно сделать один History, но завести поле type, куда писать тип объекта. Ну и в поле key — первичный ключ. Но тогда ссылки на объекты придется расставлять самому.