Здравствуйте, <Аноним>, Вы писали:

А>Насколько я понял, по умолчанию сессия идентифицируется через cookie. Чтобы поддерживать ID сессии через URL и избавиться от необходимости поддерживать cookies, я так понял, нужно для всех URL вызывать метод java.lang.String encodeURL. Вопрос состоит в том, не нужно ли еще выполнять какие-либо настройки при инициализации сервлета и как воообще корректно перекодировать ссылки?
Все зависит от контейнера сервлетов, на котором крутится твое приложение. В томкате, например, чтобы использовать URL rewriting нужно в настройках контекста твоего приложения установить аттрибут cookies в false.

А>Неужели нужно вызывать этот метод для всех ссылок, которые динамически генерируются в JSP?

Точно. Для всех ссылок, которые идут на страницы, использующие сессии.