Здравствуйте, Аноним, Вы писали:

А>Создал пустой проект типа bootstrap.

А>почему bootstrap.css лежит где то глубоко в assets, не как js и images?
А>и зачем создается куча других файлов типа *html, *.less, *.md, *.json, и папок типа docs, less?

А>Первый раз работаю со штормом, так что буду признателен за детали

Дело в том, что WebStorm 5 просто скачивает все файлы из git репозитория. Например, для bootstrap v2.3.1 скачаются все файлы отсюда https://github.com/twitter/bootstrap/tree/v2.3.1.
В WebStorm 6.0.2 (скоро выйдет) при создании Twitter Bootstrap проекта будут создаваться только css/*.css, img/*.png и js/*.js.