Здравствуйте, SaZ, Вы писали:

SaZ>Доброго дня,

SaZ>Есть CMake проект, который использует буст и некоторые другие либы, а так же cpack. Всё подключается через vcpkg. Платформа — только убунта.
SaZ>Каждый раз при запуске приложения, отладки и т.п. происходит полная пересборка проекта. Хотя если собирать проект вручную через командную строку — то пересборки не происходит. К сожалению, пока не получается собрать минимальный пример, который воспроизводил бы проблему.

SaZ>Возможно кто-то даст хинт, в какую сторону смотреть, чтобы побороть проблему?

А что вы имеете в виду под полной пересборкой проекта?
Для Run/Debug конфигураций в CLion по умолчанию прописан шаг Build как Before Task. Его можно удалить в настройках конфигурации. Но вообще, конечно, этот шаг проходит мгновенно, если перестраивать ничего не надо, и по сути ничего не делает.