V>а по окончании он работает по трудовому договору, как ПБОЮЛ.

В этом нет ничего страшного. ПБОБЛ с облегченной формой нологообложения платит 6% налогов вместо 13% в случае штатного сотрудника. ЗП получается полностю белой. ИМХО трудовой кодекс тут действовать не будет, а все будет определяться трудовым договором — надо будет внимательно его читать.

Отдельный вопрос, кто берет на себя регистрацию в качестве ПБОЮЛ'а. Если фирма берет на себя все хлопоты и расходы при регистрации ПБОЮЛ'ом, а тем более при ДЕрегистрации (при уволнении), то все ок. Если надо будет все самому делать — это пипец. Хотя и в случае помощи фирмы это гемор, в определенной степени.