Можно оставить существующий инструментарий, но при выпуске последней версии "в люди" и старте новой версии, инициируйте новый проект.
Т.е. для последних 1-3 версий (все зависит от числа ваших конечных пользователей, частоты выпуска новой версии и частоты обновления версий пользователями) всегда должен быть отдельный "закрытый проект" и при необходимости выпустить новый билд на старой версии расконсервируйте исходники этой версии.

Шаповаленко Денис