У нас в отделе разработки примерно такая же проблема. Остался один разработчик из создателей софта, документации ноль, и необходимо вести доработку. Пока склоняемся попробывать парное кодирование по XP. Кроме того дали задание разработчику в разумном виде разложить схему базы данных(там просто мрак) и основные компоненты (объекты) и взаимодействие между ними...Сложно пока этот процесс идет.