...
А>1. Имеет ли смысл использовать VRML в десктопном приложении (используя Cortona SDK) как основу визуализации некоторого вычислительного эксперимента? Удобно ли это? Или 100 разноцветных кубиков
А>затормозят всю систему?
По всей видимости, имеет смысл. На VRML сцену можно сделать ещё и компактной, хотя для локального приложения в этом нет необходимости. На 1000 кубиках быстродействие будет определяться не геометрией, а тем, насколько часто и глубоко будет перестраиваться сцена. Если все кубики будут создаваться заново из строки на каждом кадре, то fps может просесть и на 100.

А>2. Какова в данный момент ниша использования данной технологии? Иначе, где
А>используется VRML и каковы перспективы его развития?
VRML активно используется для визуализации различных технологических процессов. Причём под технологическим процессом подразумевается не только проектирование и изготовление, но и обучение персонала, эксплуатация и ремонт, т.е. полный жизненный цикл изделия.
http://www.parallelgraphics.com/virtual-manuals/demo/
http://octaga.com/references.html
http://www.bitmanagement.com/demos/demos.en.html
Перспективы VRML туманны. Консорциум Web3D "отрёкся" от VRML97 в пользу X3D, Intel продвигает свой U3D. Поживём — увидим.