Здравствуйте, NickViz, Вы писали:
...

— как я вас понимаю!

Поблемма скорее всего в следующем: большинство драйверов для плат захвата выставляют времена семплов кое-как. В вашем случае карта захвата скорее всего всетаки дропает некоторые семплы времени от времени, а проставляет время тем которые уже попали в выходную очередь. Соответственно имеем реалный дроп, а по времени всё ок. Выход, только строгий таймкод, привязанный к саждому видео сэмплу.