Здравствуйте, AlexGin, Вы писали:

AG>А какие ваши предложения, уважаемые коллеги?

в FTP есть докачка, но сам протокол древний и кривой.

на мой взгляд, первое, с чего следует начинать выбор протокола — это поиск реальных причин не использовать HTTP.
в твоем случае HTTP подходит. я бы даже взял WebDAV (раз уж FTP в принципе годится), тут можно будет вообще как диск примонтировать в некоторых ОС.
для HTTP/WebDAV навалом готовых клиентов, масса готовых реализаций сервера под любые нужды, в том числе и для микроконтроллеров.