Для промышленной автоматизации нужно использовать Modbus TCP, стандартный порт 502. Новички очень любят использовать FTP, уж не знаю почему он им так нравится, но всегда всё заканчивается большим фейлом. Вот уж где можно с уверенностью говорить об ужасной реализации. Не лучше дело обстоит и с самопальными протоколами. Отечественная промышленность выпустила не мало подобного мусора.

В контроллерах традиционно стоят какие-нибудь атмелы, прекрасно известно на что они способны и чем программируется (Atmel Studio, FastAVR). Так сделайте поддержку Modbus TCP, будет не контроллер, а конфета. Пусть он даже жёстко прошит или работает только со своими датчиками.

Всё на самом деле очень просто, данные идут от датчиков в контроллер. Далее они могут использоваться или другим контроллером или уйти в ПК. В том же ПК уже есть огромное количество готового софта, в том числе и бесплатного типа OpenSCADA, и весь этот софт практически всегда поддерживает Modbus TCP.

А это множество возможностей, архивация в базу данных, интерактивное отображение графических интерфейсов в клиенте и даже в вебе, телеметрия, управление, графики, таблицы, отчёты и многое другое. Новички в автоматизации не понимают таких простых вещей. В итоге каждый создаёт свой протокол, в том же FTP внутри всё равно свой формат данных. Причём сам FTP будет глючить нещадно, так как промышленная сеть рассчитана на безотказную работу годами.

Вообще говоря rsdn это не совсем тот форум, где стоит обсуждать подобные вопросы. Существуют форумы по промышленной автоматизации. Если человек, например, всю жизнь ваял веб, но никогда не видел контроллеров, то опыт будет ему подсказывать использовать совершенно неуместные решения.