Разумеется, шифрование диска есть. Ключ — у владельца сервера на флешке. Любой перезапуск сервера (обновление ядра, сбой питания...) происходит в присутствии владельца.
vsb>Не может он зайти под рутом в работающую виртуальную машину. Откуда он пароль возьмёт?
Пароль от vds хостер сам выдаёт. И, разумеется, он этот пароль знает.
Образ системы также подготовлен хостером. Т.е. в системе могут быть какие угодно закладки на уровне ядра.