S_B>Ну кроме как запускать сервис из-под пользовательского аккаунта (не системного), для которого эти настройки уже созданы, навскидку ничего в голову не приходит...
Может и так. Заметил что эти настройки служба берет из ветки реестра HKEY_USERS\.DEFAULT\ а туда их можно забросить через оснастку консоли управления gpedit.msc.

А по поводу хранилища думаю, что я не до конца понимаю способ поиска системой физического хранилища. Кто знает, поясните момент: в CryptoAPI есть функции, CertRegisterPhysicalStore и CertRegisterSystemStore которые, как я понял где-то регистрируют физические хранилища в системе, и только после регистрации их может увидеть клиент. Что за чем надо регистртровать что бы хранилище увидела служба?