Про Java расскажу. Если есть зависимость, то компилятор ищет либо .class-файл (скомпилированный байткод), либо .java-файл и читает его. Если найден java-файл, то он его тоже компилирует. Если и тот и тот, то смотрит, который новее.

Т.к. в Java имена публичных классов и имена файлов совпадают, то это работает для классов из других пакетов.

Если класс из того же пакета, это не сработает. При компиляции одного пакета надо передавать компилятору все файлы из этого пакета.