Нашёл как вручную прописать маппинг вложенного объекта в ту же таблицу:

class A
{
  public int Value1 {get; set;}
  public int Value2 {get; set;}
}

class B
{
  [Column(MemberName = ".Value1")]
  [Column(MemberName = ".Value2")]
  public A Item {get;set;}
}

Как-то можно автоматом подгрузить все свойства вложенного типа, а не явно каждое прописывать в атрибуте или в PropertyMappingBuilder?
Что-то вроде как в EF Core OwnsOne