В итоге получается что я опасаюсь взлома приложения, подмены данных при передаче, и мне не хватает идей как создать систему что бы никто не смог использовать мой сервер.
К тому же программирую в среде .NET, а там хранить текстовые строки в exe файле опасно, поэтому не знаю как защитить пароль которым буду шифровать команды.