А>Все примитивно — надо запретить Advertise своему ярлыку, тогда он будеи обычным. Для этого надо поступить так:
А>Что же касается XML-файла, который меняется в процессе работы — он не должен заменятся обратно. Если же это присходит, то ему необходимо снять атрибут msidbFileAttributesVital. Возможно, и его компонент надо будет перевести с ключа-файла (File Key Path) на ключ-реестр (Registry Key Path). У нас это типовая задача и никаких проблем нет, правда наш инструмент для генерации инсталляций — WiX, он некоторые вопросы упрощает, но при этом ничего не скрывает.
Я бы еще напомнил, что для хранения настроек которые меняются пользователем существует Application Data Path и иже с ним (CSIDL_APPDATA, CSIDL_COMMON_APPDATA...)
