Спасибо, WPooh, уже разобрался.

Действительно, можно установить значение для свойства ALLUSERS в 1, можно установить значение атрибута InstallScope элемента Package в "perMachine".

Смутило то, что в примере создания ярлыков в справке WIX добавлен такой элемент:

<RegistryValue Root="HKCU" Key="Software\Microsoft\MyApplicationName" Name="installed" Type="integer" Value="1" KeyPath="yes"/>

и при попытке изменить значение атрибута Root на "HKLM" возникала ошибка. Эксперимент показал, что ветка реестра и доступность ярлыков определяются параметром ALLUSERS или атрибутом InstallScope, а не атрибутом Root.