Здравствуйте, Yehuda, Вы писали:

Y>Это программа большого банка, его техникам, осуществляющим поддержку у клиентов, иногда вместо удаления текущей версии перед установкой новой версии для разных проверок удобнее не удалять текущую версию полностью, а переименовывать основную директорию аппликации с тем, чтобы можно было легко переходить с одной версии на другую.

Y>Кроме того, здравый смысл программиста подсказывает, что из-за исключения не должно падать все приложение (в данном случае Windows Installer).
Y>Должно быть разумное решение.

Могу предложить "спрятать" твою DLL содержащую Custom Action в место, в котором хитрые техники ее не найдут чтобы удалить или переименовать.
То есть, ставить ее не в директорию куда ставится продукт, а куда-то в другое место.

Ну или использовать какой-нибудь более продвинутый инструмент для создания пакетов Windows Installer, нежели Setup Project,
чтобы иметь возможность игнорировать такие ошибки.