Есть такой патент, называется "Разработка компьютерного ПО в том числе системного ПО..., включая их адаптацию и модификацию."
Вот стоимость патента за год в 2024г (взял несколько городов для примера):
Москва = 634.800, Московская Область = 64.593, Ростов = 23.488, Старый оскол = 23.128, Алтай = 14.604

Если продавать софт по лицензионному договору или договору купли-продажи, то такой патент НЕ подойдёт.
Но если скажем составить договор, что я бесплатно передаю софт после заключения договора на модификацию софта под него
(например изменить иконку, поменять цвет, шрифт, написать в about — special edition for Ivan Petron), то думаю юридически придраться не к чему.

Или будут проблемы и посчитают налоги как от доходов по УСН или по ОСН ?
Как клиенты отреагируют на такой договор ?

Вот похожая схема: я купил машину и диллер мне подарил бесплатное ТО на год. А тут наоборот клиент купил ТО на софт, а я ему за это подарил софт на время.