Здравствуйте, WSA, Вы писали:

WSA>Есть Mercurial репозиторий с программным решением, который используется внутри компании ограниченным кругом разработчиков.
WSA>В данном репозитории есть конфигурационные файлы с подключением к БД.

Надежнее всего не хранить конфиги с реальными параметрами БД, а хранить их где-то отдельно (на стендах или в другом закрытом репозитории, если нужна историчность).
Если можно обойтись локальной базой, можно для разработки хранить в репозитории параметры соединения с такой локальной БД, унифицированной по всем разработчикам (типа server=localhost;db=project_dev;user=localdev;password=localdev). На тест- и препрод- стендах — свои конфиги со своими базами.

Если нужна какая-то централизованная, но разная для разных разработчиков или реальная, которую нельзя светить, — то конфиг с соединением с БД не хранится, хранится его пример, а разработчик уже себе его настраивает под себя. Такой файл должен быть игнорируемым в hg, чтобы случайно не был сложен с реальными параметрами, что может быть не очень удобно, если в конфиге и база и другие параметры, которые меняются. В .net может помочь встроенная поддержка иерархии конфигов, т.е.
* appsettings.json — базовые настройки, тут реальной строки соединения нет.
* appsettings.dev.json — игнорируемый в hg, персональные настройки разработчика в т.ч. важные строки соединения и т.д., переписывающие базовые настройки.

WSA>Хотим скрыть данные о подключении к основной БД, но они есть в истории.
Тут боюсь только поменять учетку в БД. Отдельные коммиты можно удалить из истории, но коммиты, а не их части, да и для старой истории, которая уже расползалась по разным местам это та еще головная боль, не советую.